林彪、彭德怀对刘伯承认识偏颇脱离实际的军事观点颇为不满。尤其是彭德怀十分恼怒，不满地说：“按他刘伯承的说法，我们这几亩田早卖光了；”“其他人不行，就他行。”林彪也说：“我们的游击战为什么不好哇，打正规战，拿么子打吗？让他刘伯承一个人去打就行了。”
此时，刘伯承刚从苏联伏龙芝军事学院归来，是苏区惟一一个喝过洋墨水的“军事科班生”。由于资历老，经历丰富，指挥过南昌起义，因此担任过中共长江局军委书记的刘伯承在上层一直有“党内的孙武”之称。刚进苏区，鉴于“立三路线”的教育，刘伯承努力想保持低调，不愿出头。但“洋派”的教条主义者在军事上一窍不通，他们需要同样从苏俄归来的刘伯承，并引为指挥红军的依靠，以图同以毛泽东为代表的“山沟里的马列主义”相抗衡。
可以说，刘伯承当时是身不由己地卷入了“土洋”之争，并作为“洋派”军事上的“旗帜”被推到了“土洋”之争的前台。
可是，“洋派”在第四次反“围剿”的战略指导思想上却犯了不顾客观实际的兵家大忌。
1933年2月4日，苏区中央局作出了“书生决议”，命令红军实施先发制人、主动出击的战略，实行进攻作战击溃敌人，并命令红一方面军首先围攻苏区大川边的桥头堡——南丰。
南丰城东临抚河，位于南北狭长的赣东南平原地带，地势开阔，既便于集结部队，又便于实施集群作战，因此国民党军将此作为进攻中央苏区的重要据点。红一方面军领导人朱德、周恩来不愿强攻南丰，但苏区中央局的作战命令已下，他们只得执行。
担任主攻南丰任务的是红三军团第三师；守卫南丰的则是国民党军毛炳文第八师6个团。虽然攻守双方都是以师的建制相对，但家底不大的第三师满打满算不过两千人马，而国民党军则有近万人。红三军团军团长彭德怀接到命令后大为不满，他在电话里冲朱德、周恩来抱怨：“这是哪个的鬼主意，蠢嘛！南丰易守难攻，敌我力量悬殊，又占据了有利地形，这样硬攻下去对我们是不利的，真是乱弹琴！”
朱德有苦难言，只得劝道：“老彭，中央的命令都下达了，还是进攻吧！”
果然如彭德怀所料，进攻南丰并不顺利。2月12日黄昏，第三师向南丰发起猛攻。激战一昼夜，仅夺取城西南、西北的外围工事。清点战场，红军歼敌不足一个营，却自损三百余人。敌军据城固守待援，构置了强大火力网，封锁了城外那片开阔地，红军根本无法接近城墙。
彭德怀接报急忙赶到前线，见此情景，不禁火冒三丈：“这样打下去连我们三军团的老家底都要打完。啥子正规战？主动出击？全是刘伯承在瞎参谋。他这样弄下去，打得赢个鬼！”
彭德怀并不知道，实际上，刘伯承从—开始就不赞成强攻南丰。如今看到南丰不易攻取，敌军又固守待援，经过反复思量，刘伯承果断提出佯攻南丰，围城打援。遗憾的是，由于战事紧张，兼之个性殊异，他和彭德怀没能就此坐下来心平气和地沟通一下，寻求共识……
历史的机缘就此错过。彭德怀固执地将中央局包括南丰攻城在内的一系列军事战略计划与实施的过失，都记在了刘伯承的账上。因为在大家看来，当时中央局那些“洋派”们在军事上主要依靠的是刘伯承。
事后，话又传走了样。刘伯承颇为不满地反驳：“红军本来就存在着游击主义嘛！老彭的红三军团也需要在战术上提高一下。”话又传回去，刚直易怒的彭德怀会是何种反应可想而知。
其实，两位老帅有着太多相似的人生经历：同是出自贫寒的农家，同是起步于行伍，早年分别投身川军和湘军，有过旧军人的军旅生涯；分别参加了国内武装割据斗争中颇具代表性的南昌起义与平江起义，共同投身到共产党领导的革命营垒。作为开国元帅、伟大的军事家，刘伯承大智大勇中多几份儒雅，彭德怀则多几分勇武。但由于脾气秉性、文化素养、生活阅历的差异，他们在军事理念上又表现出了一定的歧见。
刘伯承一贯主张部队要有正规的战略战术素养，要有不断发展创新的军事理念。他在认识到自己对“游击战”的偏颇观点后，在后来的战争实践中能及时反躬自省，认真讨教毛泽东并活学活用，变中求变，将胸中韬略与中国革命的具体实际结合起来。共产国际顾问李德来到苏区后，他不参不谋，反而抓紧时间致力于游击战术经验的总结和推广。1934年5月10日，他发表《现在游击战要解答的问题》，主张用深入敌后的办法来打破“围剿”；9月10日，他又发表《到敌人后方开展游击战争的几个教训》，进一步阐述上述主张，并从理论认识上升华到了一个新的高度。这说明他已理解和掌握了毛泽东的军事作战原则和指导方针，为毛泽东军事理论思想的形成和发展贡献了自己的智慧。
遗憾的是，彭德怀却始终没忘当年刘伯承认识有误的那笔历史旧账，以致于两人纠葛渐起。
全面抗战爆发后，彭德怀出任八路军副总司令，刘伯承担任了下属的一二九师师长，二人在角色上同红军时期相比，恰好进行了一次置换：刘伯承领兵在外，彭德怀作为主帅统全局于内。期间，彭德怀多次到一二九师和晋冀鲁豫根据地检查指导工作，传达部署党中央、八路军总部的指示、方针和对敌军事战略。1940年3月至9月，彭德怀领导发起“百团大战”，一举歼敌4.3万余人，拔除敌伪据点千余个，期间担任主要作战任务的部队便是一二九师。这一时期，两人的配合还算是默契的，没有传出什么不和谐之音。
1943年9月，中央发来通知，令彭德怀与刘伯承双双返回延安参加第二期整风运动。刘伯承夫妇先期来到山西太谷县的一个秘密交通站，这里是太行根据地通往晋绥和延安的西线地下交通线。几天后，彭德怀也风尘仆仆地赶来了。两人会合后，由西线的同蒲支队派出一个连护送去延安。因要通过敌占区，彭德怀和刘伯承都化了装。护送连的连长为安全起见，安排夜间行路，白天隐蔽休息。一天，他们来到同蒲路东边的一个村子里，刚住下准备休息，忽有情报人员报告说，附近炮楼的日军要到村里来，连长连忙安排两位领导到村外青纱帐里躲一下。彭德怀一听生了气，说：“我走我的路，老这么东躲西藏干什么！”连长无奈，只好向刘伯承报告。刘伯承带着连长来到彭德怀的住处，说：“彭总，在这里他们是指挥员，得听他们指挥。叫我们去躲一下，我们就去吧！”一直板着面孔的彭德怀笑了，对连长说：“你把刘师长搬来了，我只好服从。”就这样，两人一路夜行晓宿，来到了延安。
次年4月，毛泽东在延安高级干部会上作了《学习和时局》的报告，开始按地区和军队系统召开座谈会，总结历史经验，检讨工作，开展批评与自我批评。4月30日，在晋冀鲁豫区和相关军队系统的座谈会上，刘伯承作了《晋冀鲁豫抗日民主根据地现状的报告》，全面系统地总结了晋冀鲁豫地区抗战7年来的工作。
这个报告犹为敏感的是，它无可避免地提到了至今仍在争论不休的“百团大战”问题。报告既肯定了成绩，也毫不讳言地指出了缺点。刘伯承认为百团大战前后，由于对“从内战转到抗日游击战之舵掌握不紧，过分强调正规军，犯了编并与放任地方武装的错误”，一度影响了根据地的建设。同时他还指出，百团大战总的来讲是一场打了胜仗的大战役，但也存在着不少战略战术上的错误，如敌众我寡之下，没有以弱示敌，过早暴露了我军的真实实力；没有充分发扬正规战与游击战相结合的传统优势，有些仓促上阵的意味，为了片面取得政治影响甚至矫枉过正。
刘伯承提出的这些问题，并不是针对彭德怀，他只是对自己执掌的一二九师和晋冀鲁豫根据地的工作作了自我批评。
然而，他的报告一出，便引起延安主要领导的共鸣。历来主张独立自主地开展山地“游击战”的毛泽东觉得，刘伯承对百团大战失误的认识和评价是准确和恰如其分的。以八路军当时的实力来看，打一个这样的大战未免太过冒险，同时，至关重要的也是毛泽东一直忧虑的一点，就是过早的暴露实力会引来国民党蒋介石的忌惮。此外，他对彭德怀在百团大战上的临机专断是有不同看法的。随即，毛泽东在整风运动中，把刘伯承的那份报告交与大家讨论，这就有了百团大战以后纠缠不清的争论。
打了胜仗的彭德怀对此当然想不通，也完全没有思想准备。后来，他还是就百团大战的战略战术作了一些检讨和认识，中央对此也未再有什么异议。然而，到了1959年“庐山会议”上，这成了清算彭德怀一贯反对毛主席军事路线的一大罪状。这当然是后话。
事关百团大战的问题原本是一个普通的工作总结，可在两位老帅中间经此风波，却有了“剪不断、理还乱”的东西掺杂其间。以讹传讹，众说纷纭，外界一度盛传二人不和。实际上除了理念歧见，并无其他，至少在公共场合，两人谁也没有指责对方的不是。
抗美援朝，彭德怀临危受命。1951年5月，志愿军三兵团六十军一八零师由于多种因素导致部队被美军分割包围，该师大部被歼，被俘人数达六千余人。而这支部队正是来自刘伯承的二野。
打了败仗，谁也不好受，尤其是作为主帅的彭德怀。他在志愿军司令部总部批评三兵团司令员王近山时，含沙射影道：“你们不是刘伯承带出来的部队吗？刘伯承是最讲战术的，怎么会打败仗？”刘伯承得知后，颇为自责地说：“彭总批评得对，部队不讲战术素养，瞎打蛮干，怎能不败？”
新旧纠葛是非难辩老帅抱病蒙冤受屈
1956年1月，刘伯承一手打造的南京军事学院迎来了建校5周年校庆。此时，该校已由草创之初的4个系发展为12个系(其中战史、防化二系正在拟建中)，学员由750人增至3千余人，教员、译员由290名扩大为1300多名。1月11日，毛泽东在陈毅、罗瑞卿、谭震林的陪同下还视察了该校，并给予了高度评价。
然而，就在这年2月，毛泽东刚回北京不久，苏共召开二十大，赫鲁晓夫作了全盘否定斯大林的秘密报告。
报告一出，举世震惊。中共中央从感情上无论如何也难以接受这个报告。4月，《人民日报》发表了《关于无产阶级专政的历史经验》的编辑部文章，毛泽东写了《论十大关系》，提出必须有分析、有批判地向外国学习，指出“学术界也好，经济界也好，都还有教条主义”。6月，中央再度发文通知全党，克服实际工作中的主观主义即教条主义和经验主义，特别是对待马克思列宁主义和外国经验中的教条主义倾向……
解放初期，我国实行的是一边倒的政策，全盘苏化。军事学院也不例外，不但有苏联军事顾问，而且课程设置和训练安排都照搬苏联。
刘伯承敏锐地预感到了什么。8月，他3次从北京致信学院党委，明确表示：“我们学习五年多的东西，总算有了几条，教条主义的思想有些发展(即将外国经验搬用过来)，这是合乎情理与事实的。在学习五个文件时反主观主义(即教条主义与领导主义)着重反教条主义是对的。”最后，他还特别指出：不要作过火的斗争，不要过分追究个人责任，说有错误，作为院长兼政委，他这个主要领导者的责任更大。
1956年10月，刘伯承返校主持召开学员座谈会，听取意见。学员这时对两个问题反应强烈：第一，六小时一贯制的课业制度；第二，三堂会审的考试太过严格，有3名中将军衔的学员嘴都念歪了。对此，个别人不满意，越级上告，给北京写了告状信。除了上述两条外，一些人嫌对学员要求太严，指名道姓指责刘伯承摧残这些战功卓著的年轻“老干部”，学校里甚至还有下级给上级擦皮鞋的现象。
中央军委对此非常重视。彭德怀身为国防部长，立刻赶到中南海，与毛泽东长谈并征得同意后，于1957年2月特地派出了以陈赓、黄克诚大将为首的包括甘泗洪、陈士榘等3个上将在内的12人工作组，颇有声势地开进了军事学院。工作组采取两人一组，每天谈两三组的办法分别找战役系的同学谈话。
当时，老中将张震和贾若愚两人为一组，经过一段时间的调查走访，两人虽不甚清楚调查背景，但综合情况后取得了共识：学习有压力很正常，这些学员还年轻，有压力才有动力，学院根本不存在教条主义。三个念歪了嘴的学员之一萧文玖态度也很明确，称有人鼓励他告状，说他这么年轻嘴都念歪了，那还了得。但萧文玖说他的嘴歪和刘伯承没关系，刘院长希望学员成才，对他们很好。五十多个学员有3个人歪了嘴，不是领导方法的问题，而是学员学习不得法。
但调查组给军委的报告却与张震等人的认识大相径庭。这份报告称“他们在教学中存在一个很大缺点，教学工作中的教条主义相当严重，最主要表现在教学内容和我国我军当前的实际情况不太适应”。尤其是报告的最后还特别提出：“……学院中的许多同志已经感到有反对教条主义必要之后，而院党委仍然徘徊、犹豫、拖延，未能下定决心。”
调查报告这样定调，身为院长兼政委的刘伯承自然难辞其“咎”。
中央军委看过报告后，彭德怀一锤定音：“教条主义的大本营就在军事学院，司令部在我们训练总监部。”
定论一出，训练总监部部长萧克对彭德怀批评正规化和现代化的口号不大赞同，联系到他对军事学院工作的不恰当评价，萧克就写了一封信与他交换意见。谁知这封信却成了向彭德怀进攻的“罪证”，被说成是“挑刺挑到国防部”了。
恰在这时，刘伯承的爱将、原二野五兵团司令杨勇去北京开会，毛泽东批评军事学院的主要领导犯了教条主义的错误，在贯彻“以我为主”的方针上有问题。杨勇据理力争，说刘院长工作不容易，学院有那么多苏联专家，中央又一再强调要向苏联学习，尊重专家的意见，还列举了1951年冬的演习，以证明刘伯承坚持“以我为主”的教育方针。
毛泽东点了点头，未再说什么。
1957年8月，刘伯承身体已每况愈下，他记述自己“昏则家卧，清则外游，但淋漓天候竟不许可”。8月6日，他致信毛泽东和彭德怀，呈请辞去军事学院的本兼各职，其情殷殷：“原来就是残疾多病的身体，勉任六年学术工作，极感吃力。自1953年虚脱症以来，脑力、眼力、神经和创伤诸旧病反复纠缠，已经难于看书提笔，休假也多……这是整顿三风所不允许之事，也使忝列此职成为疚心之事。据此，请求免任我以高等军事学院这么重要的新职，并请在移交南京军事学院职务之后，乘间疗养一个时期。一俟病愈，再赴北京专任军委委员参加实习机关工作。”
刘伯承的请辞，很快得到了中央军委的批准。廖汉生中将接任院长，钟期光中将任政委。
但树欲静而风不止。1958年5月，在八届五中全会上进入决策中枢的林彪主持召开了有一千多名高级干部参加的扩大会议，再次把反对军队工作的教条主义斗争推向了高潮。他不点名地批评说：“有人一提学习就想到外国，专学外国的东西，以为只有外国的东西才是好的。这就是迷信，一定要打破迷信观点。有的单位不把毛主席军事著作作为军事基本教材，只作为参考材料，是不对的。有的单位连参考也没有列上，就更不应该。”
与会人员一听，心照不宣。这显然是指刘伯承主持的军事学院和萧克主持的训练总监部。
6月，毛泽东对军事工作中有无教条主义公开表态，要求“军委会议要实事求是地加以分析研究”。对于军队院校工作，他明显不满：“现在学校奇怪得很，中国革命战争自己的经验不讲，专门讲‘十大打击’，而我们几十个打击也有，却不讲。应该主要讲自己的，另外参考人家的。”关于军事学院和训练总监部，毛泽东直截了当地批评说：“马列主义本来是行动的指南，而他们当作死教条来啃，马克思、列宁在的话，一定批评他们是教条主义。”最后，毛泽东意犹未尽，转而对刘伯承作了一些有欠公允的评价。
彭德怀也没有忘记当年的旧事，他在军委主要领导会上严厉地说：“刘伯承身上有很严重的教条主义，不但影响了南京，就连北京(指训练总监部)也有些吹鼓手，抬轿子的。不要忘了，红军时期，他的教条主义是逼死过革命同志的。”
彭德怀所说的红军时期教条主义逼死过革命同志，其实也是一场误会。长征时，红一、四方面军会师草地后，四方面军主动提出送一些军、师一级的高级将领到刘伯承任总教官的红军学校受训，以接受较高、较新的军事知识。李先念的军事搭档、时任红四方面军三十军军长的余天云，聪敏倔强，作战勇敢，刚刚二十岁便当了军长，深受张国焘器重。他入校后，由于文化太浅，阅历又有限，加之性格刚烈，争强好胜惯了，在好几个战术问题上与刘伯承等教官发生了争执。这类争执若是学术争鸣倒也罢了，但争执后来发展到他公然拔枪威胁、谩骂刘伯承等教官的严重违纪事件。校长何畏是他的老上司，出面制止他仍不服，何畏只得将他关了短期禁闭。谁也没料到，余天云事后想不开，认为他这个四方面军最年轻的军长折了面子，不久，在部队行至大金川激流时跳崖自杀了。对于此事，连一向偏爱余天云的张国焘也认为，余天云如此脆弱的心理和轻率的举动是不足取的。余天云之死，是自食其果，并不是受了军事教条主义的侮辱才愤而自杀的；相反，红军高级干部应自觉遵章守纪，更不可轻生。
几十年后，彭德怀旧事重提，显然是有分量的。所幸毛泽东对此并未多说什么，只淡淡“唔”了一声道：“余天云还是个娃娃嘛，想不开，寻了短见，怪不得谁。”
不久，在彭德怀具体“指挥”下，批判教条主义斗争被推向了高潮。
斗争残酷，两个例子足以说明。一是萧克遭到连续4个多月批斗后，有一天大口吐血。医生端了吐满血的痰盂给有关人员看，那些人竟指责医生“同情反党分子，立场不稳”。二是军事学院训练部部长、红军时期的老干部蔡铁根大校在会上说，共同条令(1953年军内制定颁布，估计当时正作为“教条主义”的“罪证”)是经彭总修改、军委例会通过和毛主席批准的。话音刚落即被当场摘掉领章和帽徽关押起来，后来被逐出军队，发配到边疆劳动改造，根本不容许申辩。这场斗争开了一个建国后无限上纲、无情打击，以莫须有罪名将人打成“反党集团”的坏头。
北京的批斗会开得烈焰蒸腾，斗争完全偏离了方向。正在外地养病的刘伯承心情异常沉重。一年多以前，他对第十五军三十四师师长崔建功说过：“同一孙子兵法，马谡的用法就是教条主义，孔明就不是；庞涓、孙膑同师鬼谷子，可是一个是教条主义，一个不是教条主义；王明和毛主席读的同是马克思、列宁的经典著作，一个是教条主义，一个不是。所以，教条不教条，重点不在先生，而在学生；重点不在学，而在用。”刘伯承这一番话，再次说明反对教条主义的目的，是为了更好地贯彻理论与实际结合的原则，更好地学习马克思主义的理论和外国经验，而不能否定一切，采取“左”的一套做法，采取虚无主义的态度。
不难看出，刘伯承的这番论述是针对当时正在全军开展的反对教条主义运动而言的。
可是，现在他还敢争辩吗？据传，有人曾对毛泽东说：“军队这样搞下去，不是你的，也不是我的了！”更有人说：“蒋介石可是靠黄埔起家的哟！”这些话，对于当时已渐生武断作风，行将迈上神坛的毛泽东而言，不能不在心中引起高度警觉。同样，这些话传到刘伯承的耳里，尽管他痛心疾首，但却决不敢再为自己辩诬解疑了。现在，他不能不重新冷静下来，审慎理智地面对眼前的困境。为了党内团结，为了大局和军队建设需要，也为了已经划线站队的同志少受或不受委屈，他只能选择检讨——哪怕是违心的检讨。惟有如此，才会解脱大批同志。刘伯承抱定“退避三舍”的宗旨，以一个老共产党员的党性严格要求自己，在这桩公案中委曲求全，避免了事态的进一步扩大。
接军委指示，刘伯承拖着病体回到北京。回京的头一天，他思绪翻滚，一夜未眠，左眼球红红的。到了北京，他得了青光眼，眼压高达73度，不得不住进协和医院，一面治疗，一面准备检查材料。
对刘伯承是否要在会上作检查的问题，毛泽东曾关照说：“让刘伯承同志好好休息，可以不来参加会议作检讨，表示个态度就可以了。”邓小平也说：“刘伯承同志工作积极认真，对组织是尊重的。他今年己六十六岁了，又有病，不要搞得太紧张。”豪爽、耿直的陈毅，看到刘伯承这个样子，心里难受，赶到医院对刘伯承说：“你写啥子检讨嘛！要写，我替代写，写一百个字就行了。”
但深明大义的刘伯承坚持带病出席。
7月10日，中南海怀仁堂座无虚席。鸦雀无声的会场上，笼罩着令人压抑的浓重气氛。
刘伯承被扶到讲台前，宣读自己的检讨。他表示拥护毛主席的指示，感谢同志们的批评。严于律己、严于责己是刘伯承几十年来的一贯作风。这次，在“左”的思潮得势，上面点名批评，下面有人非议的情况下，自然更免不了对自己过分苛责。但台下的人依然能看出，每当说到委屈、违心处，刘伯承即语调哽咽，几不成句。检讨罢了，台下爆发出经久不息的掌声。刘伯承总算过了关。
但刘伯承检讨想保护一批同志的愿望却未实现。事情发展越到后期，斗争越激烈，差点就是殊死以搏的敌我矛盾了。以萧克为例，他在会上声辩了几句，主持会议的黄克诚总长反问道：“你还不服气，再开几次会。”于时，批斗会又接连开了好几次。最后萧克、李达数次检讨都不过关，均被撤职，降职到地方工作。另有大批同志受到党纪政纪处分，降职降级。
